I Jeskyně Na Pomezí poškozuje pro podzemní prostředí netypická zeleň vyrůstající v okolí svítidel nasvětlujících turistickou trasu. Do jeskyně ale tyto rostliny přirozeně nepatří a poškozují cennou krasovou výzdobu. Pracovníci Správy jeskyní ČR proto tuto "lampenfloru" pravidelně šetrně odstraňují.